浙江医药高等专科学校积极鼓励学生报考全日制普通本科（专升本），并提供多方面的指导、服务。学生在大三第二学期可以报名参加由浙江省教育考试院组织的，针对应届毕业生的全日制普通本科（专升本）考试。2004—2019年学校当年应届毕业生参加由浙江省考试院统一组织的全日制普通本科（专升本）考试中，累计3969名被40所本科院校录取，部分学生后续还考取了研究生和博士生。历年升学本科院校人数累计超百位的是: 浙江中医药大学 549 名、浙江科技学院 494 名、温州医科大学 390 名、台州学院 276 名、浙江万里学院 194 名、杭州师范大学 111 名。