这两所学校在南京来说，基本上是一样的，但是现在的南京卫校基本上都是5年制大专了，但是南京中医药现在还是中专学校，他们都是公办的中职文凭。性质是一样的 ，但是南京卫校要好的多。毕竟卫生学校更全面专业更多。报考的话南京卫校要求也是比较高的。好像中医药学校没有护理专业呢。更多信息请大家关注卫校升学网。

南京市医药中等专业学校简介：
南京市医药中等专业学校，隶属于南京市食品药品监督管理局，是一所专门为医药行业培养医药专业技术人才的全日制学校。中专专业设置:药剂、药物制剂、医药财会、中药学、药品检验、食品检验、化学制药等七个专业，学制三年。高职(大专)专业设置:药学、药物制剂技术二个五年制高职专业。
南京卫生高等职业技术学校（南京卫校）简介：
南京卫生高等职业技术学校始创于1918年，其前身为金陵大学鼓楼医院高级护士学校，曾先后更名为南京市鼓楼医院附设护士学校、南京护士学校、南京第二卫生学校，是一所专门培养护理和医技人员的全日制公办百年名校，现直属南京市教育局，是国家级重点职业学校、国家中等职业教育改革发展示范校、江苏省高水平示范性职业学校、江苏省高水平现代化职业学校、江苏省首批技能教学研究基地。
    学校座落在美丽的长江幕燕风光带，毗邻陶行知纪念馆，占地面积约153亩，建筑面积约10万㎡，建有5个校内实训中心，拥有2个附属医院、20余家教学医院。开设护理、医学影像技术、康复治疗技术、医用电子仪器等医护类专业，学制包括五年一贯制高职、“3+4”中职接本科、非全日制专升本等类型，现有学历教育在校生3700余人。学校设有“南京仁爱教育培训中心”面向全省开展社会培训，年均培训量达9000多人次。
2018年，学校被批准升格更名为南京卫生高等职业技术学校。

这两个学校在南京同类学校中还是不错的。总的来说，南京卫校更强一些。专业更多一些，校园环境更好一些，交通也好一些。