学校设有药学院、医学院、教育与管理学院、智能工程学院、信息工程学院、建筑与设计学院、马克思主义学院，基础教学部、继续教育学院9个二级教学单位，现有全日制在校生9500余人，成人本、专科学历教育在籍生6000人。建有国家级职业技能鉴定站、安徽省中医药科学院亳州中医药研究所、华佗五禽戏大师工作室，立项建设国家创新发展行动计划10项，国家级实训基地2个，省级实训示范中心9个，教育部1+X证书制度试点专业2个，2020年获批为安徽省技能型高水平大学建设单位。

  学校开设医药卫生、电子信息、土木建筑、财经商贸、装备制造等各类专业42个，其中，央财支持建设专业4个，教育部创新发展行动计划骨干专业5个，省级特色和综合改革试点专业13个，中医学、针灸推拿、学前教育均为国控专业。现有专兼职教师431人，其中校内专任教师334人，校外兼职教师97人，教授、研究员和主任医师等正高级职称19人，副高级职称80人，外聘专家、教授62人，享受国务院特殊津贴1人，市政府津贴9人，省级教学名师、专业带头人、教坛新秀11人，“双师素质”教师282人。
  学校以“弘德、笃学、强能、拓新”为校训，以服务区域经济发展为宗旨，始终坚持校企合作，特色办学，培养全面发展的技能型人才，先后与省内外100多家大型知名企业开展合作。2019年携手古井集团和科大讯飞在校内成立了“古井管理学院”和“科大讯飞人工智能学院”，实施订单式人才培养。学校是安徽省唯一一所与安徽中医药大学联合举办本科教育的高职院校，本科班考研通过率40%以上。近三年，我校学生在全国职业技能大赛中荣获一、二、三等奖共15项，在省级大赛中荣获一、二、三等奖共79项。毕业生深受用人单位欢迎，就业率一直保持在98%左右。
  亳州职业技术学院坐落在国家级历史文化名城“华佗故里、药材之乡”安徽省亳州市，是一所有30多年办学历史的全日制公办普通高等职业院校。办学层次以普通专科为主，兼有五年制大专，本科教育和成人教育本、专科。